Следующий славный этап в истории «Депортиво» начался в конце 1980-х. Клуб, устав от бесплодных попыток прорваться в «Примеру», оказался на грани банкротства. Долги составляли неподъемную сумму в 600 миллионов песет, но появление в 1988 году Аугусто Лендойро помогло выправить ситуацию. Тогда же тренером команды стал Арсенио Иглесиас, который в 1991 году вернул «Депор» в элиту. Уже в то время в составе команды появились мощные группировки легионеров, как правило, из Бразилии и с Балкан, а в 1992 году клуб подписал игроков бразильской сборной Мауро Силву и Бебето.

В 1994 года только несчастный случай помешал «Вавилонской башне» стать чемпионом, но год спустя «Депортиво» все-таки завоевал свой первый в истории трофей. Это был знаменитый «11-минутный» финал Кубка Короля. Из-за проливного дождя «Валенсия» и «Депортиво» не смогли доиграть матч до конца, прервавшись на 80-й минуте при счете 1:1. Три дня спустя команды вновь вышли на поле, чтобы доиграть оставшиеся минуты, и этого времени хватило, чтобы Альфредо принес трофей команде из Галисии.

После этого триумфа Арсенио Иглесиас попрощался с «Депортиво», а пришедший ему на смену валлиец Джон Тошак не сумел найти общего языка с местными болельщиками. Тем не нравилось, что Тошак был привязан к Сан-Себастьяну, где он работал до «Депортиво», и при первой же возможности возвращался к баскам. Там у него был дом, а в Ла-Корунье Тошак бывал наездами, останавливаясь в гостинице.

Во время одного из матчей, когда болельщики отреагировали аплодисментами на забитый «Депором» гол, валлиец заорал в сторону трибун: «Ага, теперь вы рукоплещете, козлы!» Когда после игры он вернулся в отель неподалеку от «Риасора», услышал под окнами звук бьющегося стекла. Выскочив на улицу, Тошак обнаружил, что кто-то разбил окна его автомобиля, но не успел он даже выругаться как следует, как из темноты на него двинулся какой-то громила с ножом. Валлиец, тоже парень немаленький, сумел кое-как «уговорить» нападавшего, и обошлось без кровопролития, но дни Тошака в Ла-Корунье были сочтены.

Он ушел в начале 1997 года, объявив, что у этой команды «нет ничего - ни будущего у действующего состава, ни молодых игроков, которые могли бы стать будущим». «Чтобы говорить о разрыве, нужно быть женатым, - добавил валлиец. - А у нас с публикой не было никаких отношений».

«Депортиво», невзирая на то, что в команде появились такие таланты, как Ривалдо, Флавио Консейсао, Луизао, Джалминья и Фран, деградировал. Но все изменилось, когда в 1998 году Аугусто Лендойро уговорил Хавьера Ирурету бросить «Сельту» и перебраться в Ла-Корунью.

С первой попытки новый тренер вернул команду в зону Кубка УЕФА, вывел в полуфинал Кубка Короля, а летом 1999 года, отдав почти 7 миллионов евро за мало кому известного голландского нападающего Роя Макая, «Депортиво» начал самый успешный в своей истории сезон. Уже в матче первого тура Макай забил три мяча в ворота «Алавеса», а «Депор» одержал победу со счетом 4:1. Команда захватила лидерство, и, невзирая на пессимистические пророчества, удерживалась на вершине до самого конца. К последнему матчу с «Эспаньолом» «Депортиво» подошел на фоне заметного спада - только два очка в трех поединках, однако голы ветерана команды Донато и бомбардира Макая свели на нет любые притязания «Барселоны» на триумф.

После этого «Депортиво» выдвинулся на ведущие позиции и в Европе. В сезоне 2000/01 команда не только стала вице-чемпионом, но и пробилась в четвертьфинал Лиги чемпионов. Год спустя «Депортиво» завоевал Кубок Короля, обыграв на «Сантьяго Бернабеу» «Реал» в день столетия клуба (2:1), а в розыгрыше Лиги чемпионов дважды эффектно переиграл «Манчестер Юнайтед» (2:1, 3:2).

Невзирая на то, что в январе 2002 года выпуски новостей обошли кадры, как во время тактического занятия Джалминья повздорил с Ируретой и ударил тренера головой, «Депортиво» по-прежнему демонстрировал отличную игру и результаты.

По итогам 2002 года ФИФА назвала команду из Ла-Коруньи четвертой в мире, а лидер «Депортиво» Хуан Карлос Валерон был на первых ролях в сборной Испании на чемпионате мира в Японии и Южной Корее.

И хотя в 2003-м Рой Макай попрощался с командой, «Депортиво» пробился в полуфинал Лиги чемпионов, где весной 2004-го уступил «Порту» Жозе Моуриньо. Год спустя команду покинули Ирурета, Фран и Мауро Силва, и «Депортиво» постепенно отступил в тень.