В 2001 году «Валенсия» снова добралась до финала Лиги чемпионов, где уступила по пенальти мюнхенской «Баварии». Это поставило крест на периоде правления аргентинца Эктора Купера, которого не очень-то жаловала пресса - ей не нравился оборонительный стиль команды, однако это приносило успех, и именно в таком стиле команда действовала с тренером Рафаэлем Бенитесом.

В сезоне 2001/02 «Валенсия» уверенно стала чемпионом, забив, однако, только 51 мяч в 38-ми поединках. При этом отрыв команды Бенитеса от ближайшего преследователя составил семь очков. Игру «парней» определяли добротный голкипер Сантьяго Каньисарес, защитники Маурисио Пеллегрино, Амедео Карбони, Роберто Айяла и Жоселен Англома, а также выносливый полузащитник Рубен Бараха. Чтобы романтики остались довольны, «Валенсия» купила аргентинского плеймейкера Пабло Аймара, и в сезоне 2003/04 снова стала первой, опередив «Барселону» на пять очков.

Завоевав еще Кубок УЕФА благодаря уверенной победе в финале над французским «Марселем» (2:0), Рафаэль Бенитес перебрался в «Ливерпуль». «Валенсия» продолжает оставаться на виду, даже выиграла Кубок Короля в 2008 году. В ее составе расцвел бомбардирский талант Давида Вильи, заявил о себе атакующий полузащитник Давид Силва.

«Валенсия» снова ассоциировалась с теми качествами, что наиболее ценились ее болельщиками.

Однако в последние годы «парни» больше запомнились тяжелым финансовым положением, провальными тренерскими назначениями, неразберихой в руководстве, чем серьезной борьбой за главные трофеи, как это было в начале XXI века, когда «Валенсия» сумела нарушить почти безграничную монополию El Clasico.